DGE测序


数字基因表达谱(DGE)是指对特定组织特定状态下采用高通量测序研究基因的表达差异,已被广泛用于生物标记、疾病机制和药物筛选等方面的研究。

技术流程


信息分析


1. Reads QC/QA
2. 比对到参考基因组
3. 基因表达水平分析
4. 差异表达基因筛选
5. 差异表达基因的功能富集分析(GO,KEGG)
6. 差异表达基因PPI分析

应用实例


数字基因表达谱应用于暴发性肝功能衰竭的靶向治疗

Chen EQ, et al. Employment of digital gene expression profiling to identify potential pathogenic and therapeutic targets of fulminant hepatic failure. J Transl Med. 2015 Jan 27;13:22.

细胞因子失调和代谢活动都对暴发性肝功能衰竭(FHF)的发展至关重要。在这项研究中,研究人员应用数字基因表达谱的高通量测序(DGEP)对正常和FHF小鼠的肝脏进行检测,在RNA-seq数据中检测到12727个基因,其中3551个基因是差异表达的。这些差异表达的基因主要参与代谢过程,生物合成过程和应对刺激和压力的反应,Pathway通路分析同样显示这些候选基因富集于代谢、炎症和趋化因子信号通路等。考虑到核因子-κB(NF-κB)的代谢调控对细胞存活和死亡之间微妙的平衡的重要作用,参与NF-κB途径的几个DEGS被选定用于实验验证。相比于正常对照组,NF-κBp65和它的抑制性蛋白IκBα均显著增加了,NF-κB靶基因包括肿瘤坏死因子α(TNFα),诱导型一氧化氮合酶(iNOS),白介素1β,趋化因子CCL3和CCL4也在急性肝衰竭的肝脏组织中增加。此外,NF-κB被成功预受阻后,小鼠模型的肝脏病理损害和死亡率有了显著改变。本研究提供了FHF小鼠肝脏中基因表达的整体轮廓,并说明了NF-κB基因作为潜在的FHF治疗靶标的可能性。

正常和FHF小鼠肝脏mRNA表达谱测序