DGE测序
 

采用高通量测序研究特定组织特定状态下基因的表达差异。

 
样本类型
total RNA
 
样本总量
≥ 2 μg
 
交付周期
35天(可加急)

服务介绍

 

数字基因表达谱(DGE)是指对特定组织特定状态下采用高通量测序研究基因的表达差异,已被广泛用于生物标记、疾病机制和药物筛选等方面的研究。

技术流程

 

样本质检

文库制备

上机测序

数据质控

数据分析

技术参数

 

测序策略

HiSeq,PE150

数据量

3 Gb

信息分析

 

基本信息分析

1

Reads QC/QA

2

比对到参考基因组

3

基因表达水平分析

4

差异表达基因筛选

5

差异表达基因的功能富集分析(GO,KEGG)

6

差异表达基因PPI分析

应用实例

 

数字基因表达谱应用于暴发性肝功能衰竭的靶向治疗

Chen EQ, et al. Employment of digital gene expression profiling to identify potential pathogenic and therapeutic targets of fulminant hepatic failure. J Transl Med. 2015 Jan 27;13:22.

细胞因子失调和代谢活动都对暴发性肝功能衰竭(FHF)的发展至关重要。在这项研究中,研究人员应用数字基因表达谱的高通量测序(DGEP)对正常和FHF小鼠的肝脏进行检测,在RNA-seq数据中检测到12727个基因,其中3551个基因是差异表达的。这些差异表达的基因主要参与代谢过程,生物合成过程和应对刺激和压力的反应,Pathway通路分析同样显示这些候选基因富集于代谢、炎症和趋化因子信号通路等。考虑到核因子-κB(NF-κB)的代谢调控对细胞存活和死亡之间微妙的平衡的重要作用,参与NF-κB途径的几个DEGS被选定用于实验验证。相比于正常对照组,NF-κBp65和它的抑制性蛋白IκBα均显著增加了,NF-κB靶基因包括肿瘤坏死因子α(TNFα),诱导型一氧化氮合酶(iNOS),白介素1β,趋化因子CCL3和CCL4也在急性肝衰竭的肝脏组织中增加。此外,NF-κB被成功预受阻后,小鼠模型的肝脏病理损害和死亡率有了显著改变。本研究提供了FHF小鼠肝脏中基因表达的整体轮廓,并说明了NF-κB基因作为潜在的FHF治疗靶标的可能性。

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正常和FHF小鼠肝脏mRNA表达谱测序

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