circRNA测序
 

通过对环状RNA进行高通量测序研究circRNA的功能。

 
样本类型
total RNA
 
样本总量
≥ 10 μg
 
交付周期
70天(可加急)

服务介绍

 

环状RNA(circular RNAs,circRNAs)是一类新型非编码RNA,与传统非编码不同,环状RNA分子为封闭环状结构,由于对核酸酶不敏感,因此比线性RNA更为稳定。通过与疾病关联的miRNA相互作用,circRNA在疾病中发挥着重要的调控作用。

技术流程

 

样本质检

文库制备

上机测序

数据质控

数据分析

技术参数

 

测序策略

HiSeq,PE150

数据量

10 G

信息分析

 
1

Reads QC/QA

2

circRNA的鉴定

3

circRNA定量

4

circRNA表达差异分析

5

差异 circRNA 来源基因富集分析

6

miRNA 结合位点分析

应用实例

 

环状RNA分析发现circHIPK3海绵样吸附miRNAs并调节人细胞生长

Zheng, Q., et al., Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs. Nature communications, 2016. 7.

环状RNA(circRNA)代表着一类广泛且多样的内源性RNA,它可调节真核生物的基因表达。在这里,研究人员生成了来自6种正常组织和7种癌症的RNA测序数据,检测了至少2.7万个候选circRNA。发现其中许多circRNAs在正常与癌组织之间呈差异表达。他们进一步确定了源自HIPK3基因外显子2(Exon2)的一种丰富的circRNA:circHIPK3的特征。结果显示沉默circHIPK3而非HIPK3 mRNA可显著抑制人类细胞生长。通过荧光素酶筛查分析,研究人员观察到circHIPK3像海绵一样吸附结合了具有18个潜在结合位点的9种miRNAs,他们证实circHIPK3直接结合miR-124,并抑制了miR-124活性。这些研究结果提供了令人信服的证据证实由前体mRNA生产的环状RNA在人类细胞中发挥了重要的调控作用。

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图1. 人类正常和癌症组织中的环状RNA图谱

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图2. 人类细胞中环状RNA的富集分析。

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